自2008年以來，我校與港澳臺高校交流穩步發展。已與香港中文大學、臺灣大學、中興大學、嘉義大學、宜蘭大學、屏東科技大學、逢甲大學等7所高校簽署了學術交流合作協議，與臺灣大學、中興大學、宜蘭大學、逢甲大學簽署了學生交換協議。與各高校的校級互訪、學者互訪、學生交流、合作科研、學術研討等各類活動頻繁，實質性合作交流深入發展。2012年6月，與香港中文大學續簽了學術交流合作協議。

我校與 香港中文大學（鏈接）合作，在科技部等部門的支持下，2008年成立農業生物技術國家重點實驗室（香港中文大學），作為我校農業生物技術國家重點實驗室的伙伴實驗室合作運行，兩校學者在分子生物技術、水稻產量提升、水稻營養成分改良及作物抗逆性等方面加強合作，開發新技術，培養高素質科研人才。雙方共享科研資源、定期舉辦學術研討會、共同承擔國家重點研究課題，充分發揮了香港和內地各自優勢，促進了兩地科技人員的交流、科研工作的互動，以及科學探索的成果，成為內地和香港高校合作的成功范例。

自2014起連續舉辦兩屆教育部-“香港與內地高等學校師生交流計劃項目”并連續三年派碩博生參加香港中文大學內地及臺灣學生暑期研究體驗計劃項目。

我校與 臺灣中興大學（鏈接）、香港中文大學于2006年共同發起“兩岸三地食品營養、安全與人類健康研討會暨博士生論壇”，并于2006年9月在我校召開第一屆論壇，之后相繼在香港中文大學、中國農業大學、臺灣中興大學、江蘇大學、香港中文大學舉辦，已經連續舉辦了6屆。第7屆論壇2013年8月在我校舉行。每屆參加人數接近200人，參加單位涉及祖國大陸、臺灣和香港的數十家大專院校，臺灣和香港參加會議的博士研究生人數越來越多，其影響力越來越大，已成為兩岸三地食品科學領域青年學者、特別是博士研究生學術交流的主要平臺之一。

我校信息與電氣工程學院與臺灣逢甲大學地理資訊研究中心的學術交流合作近20年，于2006年簽署了院級學術合作協議。20年來，雙方多次進行學術互訪、講學，聯合召開學術研討會，每年都有教師和研究生到對方學校交換學習。2010年合作擴展到校級，兩校簽署了校級學術交流協議和學生交換協議，自2011年起開展學生交換。由我校嚴泰來教授、中國科學院趙忠明研究員與逢甲大學周天穎教授共同撰寫的專著《空間信息（資訊）技術理論及其應用》，在海峽兩岸分別以中文簡體和繁體兩種版本出版，海峽交流基金會前董事長江丙坤和海峽兩岸關系協會前會長陳云林分別題寫了序言。